说起衍圣公，当然不能不说大明建立以来孔家的发展历程了。
蒙元时期，借助其残暴的本性，元帝结束了南北宗的分裂局面。南宗最后一位衍圣公孔洙于至元十九年让爵于北宗，孔氏南宗失去了衍圣公，开始走向衰败。在此后的二百余年中，南宗政治上、经济上都大不如以前，家庙破旧了，无力整修，祭田免税特权被废，族人中入仕做官的很少，少数的几位也只是做书院山长、儒学提举之类的学官。
孔氏南宗在经历了一百余年的衰落之后，建文四年，在杨杰等人的奏请下，朱允炆下诏南宗重新复爵，正式授于南宗孔议为翰林院五经博士，子孙世袭，享受减免祭田赋税的优遇，中断了近一百五十年之久的孔氏南宗重新恢复袭爵，但其爵位低于北宗衍圣公，只相当于衍圣公次子。
但是天下士子出江南，从洪武三十年的南北榜案就可以看出，北方的士子远远逊色于南方士子，由此天下人都已经认可了南宗正宗的地位，对北宗很少去关注。虽然都是孔子的后人，可是在士子的眼里却是天渊之别。
而且大明的第一代衍圣公孔克坚，在蒙元时期曾经任礼部尚书，知贡举之事。随后又擢升为陕西行台侍御史。当时李思齐与察罕帖木儿为争夺秦陇地区而相互攻杀，朝廷无力加以制止，看到蒙元的大势已去，孔克坚遂辞去为国子监祭酒之职，不再愿居官任职了，就以病为由谢绝了，回到故乡，在距今曲阜城十里多的地方修筑了一座别墅，名“终吉村”，种植花草松柏及枣、梨、桃、杏等果树自乐自娱，直至元朝灭亡。
或许正因为有过这样的经历，接到朱元璋的谕旨，孔克坚颇有点为难，一方面，他是元朝的旧臣，元王朝在北方还有一定的军事势力，未必没有转机；另一方面，朱元璋造反称帝，是个起事的“贼”，能否称霸天下尚未可知。为稳妥起见，他便以有病为由，派其子孔希学进京谒见。
朱元璋对孔克坚这种首鼠两端的态度大为恼火，立即亲笔敕谕孔克坚，这份敕谕恩威并施，既表明我大明王朝仍将尊礼孔子，同时又威胁孔克坚：我朱元璋虽出身布衣，却也是一个皇帝，不容你不来朝见我。
果然，朱元璋的敕谕起了作用，孔克坚接到敕谕后，诚惶诚恐，兼程进京朝见。为了表示尊孔崇儒的诚意，朱元璋当即赐给孔克坚宅一区，马一匹，米二十石。令孔克坚回曲阜代祀孔子。
与此紧密相关联的是，朱元璋一直厚待孔克坚的同时，对孔克坚之子、蒙元时所袭封的衍圣公孔希学也予以承认。充分显现了朱元璋利用孔子儒学巩固其封建政权的目的。
从这一目的出发，朱元璋对孔子后裔进行了前所未有的高规格优礼：命孔希学继续袭封衍圣公，秩进二品，官阶为资善大夫，且每岁入朝，班亚丞相，皆加宴赉。朱元璋废除丞相之后，又令衍圣公班列文官之首。衍圣公每次朝见，都给予优厚的礼遇。
洪武十七年正月孔讷袭封，朱元璋命礼官以教坊乐导送至国学，学官率诸生二千余人迎于成贤街。之后，孔讷每年进京朝见，皇帝都给符乘传。在蒙元时期已有掌书官、管勾官、典籍官、司乐官的基础上，又新设知印一员、书写一员、尼山书院和洙泗书院山长各一员、孔颜孟三氏学教授和学禄各一员。各属官的任用，均由衍圣公保举，呈省擢用。
不但如此，比如赐祭田二千大顷，分为五屯、四厂、十八官庄，拨佃户承种。其所收入供庙祭及属官廪给，余者为衍圣公俸禄。拨孔庙等洒扫户一百一十五户，在曲阜附近州县选民间俊秀无过子弟充应。下诏孔氏子孙皆免差发税粮。诏定乐舞生一百四十六名，礼生一百名，以供祭祀时乐舞赞礼之用。
可以说，朱元璋对孔子后裔的优礼，奠定了孔氏的地位。朱允炆即位之后，在方孝孺、黄子澄等人的奏请下，又对孔子后裔进行了某些方面的优礼，继续抬高衍圣公地位。继续赐田，并蠲免租税等。
但是杨杰等人却对于钦封的衍圣公不太认可，命永嘉学派名士黄磊、彭方等人为首，奏请以衍圣公弟袭封五经博士，主子思子祀事。不断拉高已经没落的南宗孔子后人的地位，其实，孔子后人无形中成为两派互相追逐的战场。
方孝孺要扶植曲阜孔氏的地位，而杨杰等人就要扶植衢州南宗在读书人之间的地位，两者起了很难调和的矛盾。这种矛盾是隐藏在暗处的，不能说透，也永远说不清楚的矛盾。
仅仅是文化的一种冲突也就算了，朱允炆最不愿意看到的情况也出现了，那就是这两种矛盾终于开始在朝堂上对立，不但是有了党争之势，而且参杂进储君之争来。
朱允炆将方孝孺、黄子澄等人为领袖的儒家学派称为复古派，而将提倡事功之学的一个江南儒家称为激进派。一直命令内厂监视着双方的举动。只要不起大的冲突，一些口舌之利就由的他们。
但是出来这两支儒家学派的分支之外，随着拜占庭传教士的进入大明，也产生了一种新的学派，当然这个学派依然披着儒家的外衣。
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