第四使徒在距离第三使徒被消灭之后, 只隔了将大半个月就发动了进攻。碇真嗣十分成功地将第四使徒消灭掉了, 但是在对战第四使徒的时候, 为了保护自己的两名同学, 他让那两人进入了本不允许进入的Eva初号机驾驶舱，然后强行独自迎战, 尽管最后获得了胜利, 收获到的却是大批的不满与指责。
原本压力就十分巨大的碇真嗣终于忍无可忍地在某天夜里悄无声息地离家出走了, 然后在次日天还没亮的时候, 就被NEVR的黑衣保镖强行带了回来。
看着眼前站着的, 浑身上下都写满了不自在与拒绝的少年，雷一鸣其实挺能理解他的心情的，本来就是被强行带过来，莫名其妙地就变成了初号机驾驶员，更要被强行背负上这种类似拯救世界的责任来。碇真嗣仅仅只是离家出走而没有在坐上Eva初号机之后暴走就已经十分难得了。
但是系统非常“体贴”地告诉他，碇源堂是绝对不会对这个孩子说半句开解的话的，比铁父还要来的强硬的这位父亲，只会重复一句话，“不愿意就离开。”
雷一鸣简直就是要被气笑了, 这位父亲毫无疑问是爱着自己儿子的，他比任何一个人都清楚，在这个世界上, 没有哪里是比初号机的内部更安全的, 但是他所表现出来的, 却是比憎恶更可怕的冷淡。
没有开解, 没有哪怕一句话的温柔，碇源堂甚至不愿意告诉自己的儿子，自己爱着他。
于是这一次的对话也以双方的不欢而散告终，看着委屈的碇真嗣离开，雷一鸣也只是在内心叹了口气，继续开始他自己的工作。
碇真嗣这孩子，只能暂时交给葛城美里来处理了。
雷一鸣坐在桌子后面，忽然听到了一个系统提示音，“支线任务（必接）：零号机启动实验将在三日后举行，期间请以最快速度徒手解救受伤的凌波丽。”
雷一鸣愣了一下，虽然不太明白为什么系统会给出这么奇怪的一个任务，但是却没有多少拒绝的意思。毕竟，适时地表现出属于人类的感情那一面，也比较容易让人感觉正常。
零号机的启动实验果然再次失败，而且这一次比之前更麻烦的是，驾驶舱在弹出之后，明显表现出了一定程度的故障。在其他人甚至都还没反应过来之前，雷一鸣已经动作迅速地冲进了实验场地里，冒着被烧伤的危险，徒手打开了驾驶舱的舱门，拉出了里面的少女。
雷一鸣在付出破损的眼睛一副，手掌部分灼伤的代价之后，成功获得了重要剧情人物凌波丽的大量好感度。
他回到自己的办公室，刚刚被医疗班的人上过药的手上缠着白色的绷带。
“手上怎么样？”空荡荡而且大的有些惊人的办公室里只有一张碇源堂自己一个人的办公桌，黎星刻走进去的时候，就看到他将白色的手套戴了起来，便顺口问道。
“没有问题。”雷一鸣重新摆出了碇源堂的标准姿势来，“丽的情况比较重要。”
黎星刻没有说话，只是例行公事一样地将手里的几分文件按照重要程度的顺序一一递了过去，拜访在桌子上。
沢田纲吉有些心惊胆跳，尽管雷一鸣说了他什么也不用作，Giotto也大大地安慰了他一番，但是不论是初次进入他人的躯体，还是操作的是这样可怕的使徒，都能带给他莫大的压力。最后还是看不过去的黎星刻摆脱乌尔奇奥拉将在第五使徒里展开ATField隔离两者才让他稍微好点。
对此雷一鸣嘲笑了他半天，却诡异地让沢田纲吉冷静了下来，他深吸了口气，看着第五使徒出现在日本海上，笔直地朝着第三新东京市的方向移动了过去。
第五使徒看起来就好像是个巨大的蓝色正八面体，但是却能发射威力十分强大的加粒子炮，初登场就给了初号机当胸一炮，几乎将初号机的身体击穿。之后更是在解决在他看来不过是一些虫子的玩意儿之后，移动到了NEVR的正上方，放下如同钻头一样的玩意儿，开始缓慢地突破一层层的装甲板，直击NEVR的本部。
雷一鸣淡定地同意了葛城美里提出来的有些异想天开的作战方案，并给了她极大的支持，让她能够通过各部门发布的命令得到支持。
日本政府不论有多不愿意，在面对这样的敌人面前，只能同意NEVR的要求，紧急地按照他们的要求将日本本岛的电力集中起来，汇聚到初号机手头的阳电子炮上。正式攻击之后，第一发炮弹被第五使徒在毫秒之间避过了核心，然后瞬间发动反攻。零号机持盾抵挡，初号机再次发射阳电子炮，终于将之击败。
而经历过这样一番经历的两名驾驶员之间的关系也好了不少。
雷一鸣并不关心少年少女之间懵懂的情感问题，对他来说Seele方面的问题才是比较让人烦躁的事情，事实上Seele方面是倾向于通过赎罪来获得灵魂宽恕的一方，这与碇源堂的期望截然相反。
老实说雷一鸣对此简直不知道说什么，这两个掌握着几乎人类命运的大头居然就那么毫不犹豫地选择了让人类灭亡的道路，真是怪不得明明自己现在俯身的这个躯体几乎没有多少像样的武力，却会被认为是这个世界最大的BOSS这样的身份。
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