这样一来自然水师大衰，后来由于倭寇之患愈演愈烈，才开始又造了些船，但也不算多，很少出海与倭寇死战，多是在陆上征剿。
如此，水师的编制也比较混乱，每个将领几乎都是各干各的一套，乱得惨不忍睹。高务实觉得自家舰队不能这么瞎搞，郑和时期的资料找不到，那就学后世流传最广的英国佬得了，人家好歹也纵横四海三四百年，学个基本制度应该错不到哪去。
作为海上一个独立的单位，一艘军舰，不管大小，最顶层的当然就是舰长了。作为一个最基本的作战单位，在独立执行任务时，一艘战舰的舰长就是这座海上小世界的最高长官，他管理着船上一切，同时也对船上发生一切负责。
舰长在他的战舰上有着绝对权威，任何人在任何情况下都不得质疑舰长权威，任何胆敢质疑舰长权威的人，无论他是军官还是水手都会受到最严重的惩罚。
在舰长下面是一名副舰长，也叫舰务官或者舰副，通常由被我们在各种作品里面称为大副的。实际上这与现代民船的大副不完全是一回事，起码在后世中国军舰上面一般被直接称为副长。然而由于高务实本人常有口误，以至于京华内部反而也喜欢叫大副。
当舰长死亡、受伤或者因故不能指挥战舰时，舰务官就是第一顺位“继承人”接替舰长来指挥这艘军舰。
排在舰副后面，则分别是几个通常级别比舰长和舰副低一点的军官。比如说航海官(京华为避免麻烦改叫航海长)，就是类似于领航员，通常都是航海经验丰富但因故升不上舰长的老军官担任，但京华两洋舰队太过年轻，其航海长对年龄的要求就没那么高。
枪炮官负责在战斗时候指挥炮兵和水手进行作战，罗远一开始就是干这个。当然出于同样的原因，这个职务在京华被称之为枪炮长。
英国皇家海军的军舰上面通常还有一批特殊的成员，其地位介于军官和其他水手之间，这就是海军生(见习军官)。
作为很长一段时间里的世界第一海军来说，英国皇家海军的成功与军官培养制度是分不开的。要想成为一名海军军官，首先要当一名海军实习生(也就是见习军官)。
一些成为海军生的小孩子会离开学校父母和富裕的生活，随着军舰上跑到全世界去杀人放火，而这个时候他们有些人不过还是10来岁小孩子。后世有一个颇为出名的风帆时代海战片《怒海争锋》，里面那些熊孩子就是。
他们在军官里面地位最低，但是却又远远高于其他任何军士和水手。《怒海争锋》里面某位强悍水手哥们没有向这些见习军官行礼，反而撞了他，这种以下犯上的行为是皇家海军的大忌，甚至是可以当作水手的哗变先兆。所以舰长看到这一幕后立即采取措施，严惩水手以维护军官们的尊严和战舰上面的秩序。
京华两洋舰队一开始没有执行这样的制度，但在打完安南之后也开始小规模应用。当然京华并没有什么贵族军官，充当海军生的都是京华工匠学堂船舶系航海专业的学生，极个别时候也有船舶建造系的学生，但是很少很少。
英国皇家海军虽然被其他国家，尤其是西班牙、荷兰等国戏称为海盗，但是皇家海军制度仍然极具贵族做派。这不是说皇家海军的什么风度或者礼仪，而是指的其人员构成：士兵和军官之间永远是两个阶级。
如果你想当一名海军军官，那首先你出身要好——有钱有地位，缺一不可。因为最起码你即使不是贵族出身，也要出生在一个可以支付高昂学费中产阶级家庭，之外还要有海军背景的大人物(最起码也是船长级别)向海军部推荐你，这样才可以当上一名海军生。
也就是说如果你是一个普通老百姓家的孩子，你几乎永远也不可能当上海军军官，还是老老实实当水手和士兵吧。
《怒海争锋》里面本来船上共有5个这样的海军生，到结尾幸存2.5名海军生：一个自杀、一个阵亡，一个伤残当了独臂大侠——伤亡率正好50%，可见海军生虽然地位特殊，但真正面临战争的时候也一样经受生死考验。
京华由于没有身份限制，甚至去船舶系学习进修还能带薪，所以能不能成为海军生的关键在于平时表现。
不仅入学之前必然是表现极好的，入学之后也得表现优秀才有机会成为海军生随舰锻炼——这种锻炼一般意味着将来他的起点比其他人要高。就如同一名进士和一名举人在初次入仕的时候所任官职就会有差别一样。
医生在英国皇家海军的军舰上是一个特殊职位，因为有时候随舰医生并不是军人而是海军民间雇员身份。与在医生在那时候是受人尊敬的职业一个道理，他们在船上是有一定地位的。
当然如果医生是军身，那也最起码也是个士官长身份——通常来说一个好医生是不屑在海军当医生的，但是在那个时候英国的科技发展的相当迅速，自然科学和博物学也一样，所以许多医生通常作为一艘战舰上面最有自然科学知识的人，也就当然地兼任了战舰上面的博物学者。于是很多医生还是愿意拿着海军的薪水，挂着医生的名头随军舰满世界乱逛。
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