元朝时也有尚方宝剑，不过更多是作为皇权的象征和赏赐品，且有隆重的授剑仪式。例如元世祖忽必烈在位时，道士张留孙以神奇医道治愈皇后的病，帝后大悦，尊其为天师。张留孙固辞不敢当，乃号上卿，命尚方铸宝剑以赐，建崇真宫于西京，专掌祠事。可见此时尚方剑还没有广泛用于国家政务和军事征伐。
至元七年(1270年)时，四川、陕西发生反抗蒙古的武装叛乱，中书省臣异常忧虑，“请专戮其尤者以止盗，朝议将从之。”也就是说中书高官官丞相建议授予出征将帅尚方宝剑“专杀”权力来镇压盗寇，朝议准备采纳。
不过此时翰林学士、侍御史高鸣提出反对意见。他认为：元制令天下上报死囚犯，必须报批才准行刑，这是慎重用刑、顾惜民生的做法。现在如果听从中书省的请求，“是开天下擅杀之路，害仁政甚大”。忽必烈采纳高鸣不能乱开杀戒镇压民众的建议，没有授予征伐将帅“专戮”特权。
前朝的尚方剑都是象征意义大于实际意义，那么大明呢？诸位阁老一回顾，发现尚方剑真正开始“发威”还真就是从大明始。
大明一开始的时候，大将出征的权力象征主要是皇帝赐予王命旗牌，不过王命旗牌只能便宜行事，并无专杀之权。
这其实很正常，毕竟中国历代都有个基本思想叫做“人命关天”。你要问这种思想的表现在哪？在明朝来说，就是如果要处死罪犯，一般是需要皇帝御笔朱批的——赐尚方剑便是给了官员直接杀人的权力，这当然是很大很大的权限。
不过这里有个问题，有明一代赐尚方剑虽然不像过去历朝那样稀罕，但真正开始频繁赐予尚方剑并给予专杀之权，正是从万历朝始。再仔细一点，可以说正是从“万历三大征”开始。
如原历史上记载最为明确的赐尚方剑，就是从孛拜之乱时赐予魏学曾尚方剑。《神宗实录》的原文是这样的：“……并赐魏学曾尚方剑斩临阵不用命者以肃军法。上切责学曾讨贼数月未平，致虏助逆，威令不肃，诸将生玩其间，复有希功忌能观望之念。以方用兵，姑与更新，赐学曾剑一口，将帅不用命者军前斩首。”
之前多次说万历帝有个特点，就是一旦决定用人，给权方面绝不含糊，而且不会因为早期失利而动摇。除非此人拿着大权而长期办事不利，那才会引得皇帝震怒，然后该罢的罢，该杀的杀。
高务实以往出征也有获赐尚方剑的时候，但权限同样是被限制在武将之内，所以朝中文官没有表示什么不满，就像历史上平孛拜的魏学曾一般。
后来赐尚方剑就开始变多了，三大征时的文官主帅几乎全都被赐了尚方剑。如平杨应龙时的总督李化龙、朝鲜经略邢玠等都在其中。当然万历末年获赐尚方剑的大臣中最出名的大概是杨镐，由于这事过于出名，应该不必赘述。
不过万历朝赐尚方剑好歹都是真碰上了大事，要打大仗，需要调动多方兵马于一人麾下，因此赐尚方剑倒也好理解。然而事情发展到明末就有些不对劲了，尤其是圣天子崇祯帝，赐剑搞得跟赐大白菜似的，终于导致了一个直到后世都争论不休的事，便是袁崇焕杀毛文龙。
其实袁崇焕杀毛文龙这件事，本质上就是“尚方剑权限”的界定问题。换句话说，就是袁崇焕手里的尚方剑到底能不能杀毛文龙——问题不在于杀得对不对，而是能不能。
正是由于尚方剑的特权没有明文规定，因此事实上每一把下赐的尚方剑权力都不一定相同，具体要看皇帝圣旨中是怎么说的。
在袁崇焕杀毛文龙之前，能够看到记载的尚方剑特权大致区别不大。万历末年杨镐的尚方剑，一开始是有人为杨镐申请赐剑，当时官方记载的是“总兵以下不用命者得以军法从事”，不过皇帝对这次申请虽然批准，但后来赐予尚方宝剑时的授权说明则改为“将帅以下有不用命者先斩后奏”。
虽然前提都是“有不用命者”，但是范围从“总兵以下”改成了“将帅以下”，权利由“军法从事”改成了“先斩后奏”。杨镐的这一把尚方宝剑，在授予“先斩后奏”的权利，并指出“不用命者”这个前提时，还使用了好大一段文字，从当时的背景和君臣往复陈述来表明什么叫“不用命者”——事实上主要针对的是贪生怕死和做逃兵两类。
天启初年熊廷弼的尚方宝剑，官方记载的申请文字是“……甲辰上谕：阁臣请以经略尚书熊廷弼奉命专征，宜重事权，兼隆礼数，除专敕外加赐敕书一道，尚方剑一把，将士不用命者，副总兵而下先斩后奏”。
但是皇帝对这次申请批准后赐予尚方宝剑时的授权说明则改为“熊廷弼仍赐剑一口，将帅以下不用命者先斩后奏”。虽然前提依旧是“不用命者”这一点没有改变，但是授权范围则由申请时的“副总兵而下”改成了“将帅以下”。
袁应泰的那把，则多了一个可先斩后奏的前提。因为他是先向皇帝道过苦水，说人心散了队伍不好带。于是皇帝稍谕安慰，赐尚方宝剑说“将帅以下有违节制、不用命者先斩后奏”，依然包含“不用命”这个前提，但是多给了一个“有违节制”。
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