这些原先因为大净化而将要被处死的犯人被转送到了茹斯的私人实验所中。
这位科学家计划要利用这些犯人在太阳系外建立殖民地，他让手下挑选了五万六千人来进行冬眠的准备。
同时他也把这些人的基因突变和基因性状的变异详细建档，输入新型的超级电脑中。这套系统被称为“人工智慧情感逻辑分析系统”，代号为擎天神。
擎天神负责处理这些基因的资料，并且试图预测出哪些囚犯会在将来的严酷考验中生存。只有四万人能够在将来的环境中挣扎求生。
这四万人被送上了四艘巨大无匹的全自动、太空勘探超级航舰。当这些囚犯陷入冬眠的时候，四艘超级航舰载着足够的补给、粮食和软硬体，准备在他们抵达目的地的时候给予他们支援。
导航系统中的目的地都瞄准了远方的沾翠四号行星。一切看起来似乎都完美无缺，即使是茹斯也没办法预料到这些犯人正航向银河系的悬臂边缘，准备面对即将到来的死亡。
擎天神系统安装在超级航舰的第一艘——内加法（Nagglfar）号上。
另外的三艘航舰——亚哥、萨伦哥、雷根，则被设定为跟随着内加法号航往沾翠四号行星。在这段被后世称为“长眠”的漫长旅程中，擎天神持续的观察那些躺在冬眠舱中的囚犯。
在彻底评估了这些囚犯体内的基因突变和变化之后，擎天神在其中某些人的体内发现了一串强有力的基因株。
虽然这个变异只有发生在不到百分之一的囚犯身上，但很明显的这个基因是和人类大脑中的心电感应性状有关系。
擎天神推测，若是这些囚犯能够在新的环境中存活下来，在几个世代之后应该就能顺利的产生心电感应的能力。
这个发现被记录起来，并且直接传送回多兰-茹斯的资料库中。
这次在原先计划中只有一年的旅程，却遭到命运的捉弄。
在旅程中的某个时间，连结到擎天神上的导航系统关闭了，这不但导致了目的地的座标被删除，连地球的座标都一并消失不见。
这四艘船携带着无助的冬眠者，无声无息的在宇宙中以曲速航行了近三十年。
最后，其中一艘航舰的引擎融毁了。
在经过二十八年的曲速旅行之后，这些巨大的船只重新出现在三度空间中，靠近一个可居住星系的外缘。
这里距离地球六万光年之远，他们的曲速引擎全毁，生命维持的系统几乎已经耗竭。所有的船只只有进入紧急状况，准备迫降在最接近的可居住行星上。
雷根和萨伦哥号迫降在被命名为巫魔加（Umoja）的行星上。萨伦哥号在穿越大气层的时候系统受到严重的损害，坠毁在地面上，全舰的八千多名乘客全部罹难。
雷根号是最为幸运的，它毫发无伤地降落在地面上。
当航舰降落之后，这些冬眠者们慢慢地苏醒过来，试图要搞清楚自己所在的位置和到底经过了多久时间，却发现擎天神号已经将所有跟这旅程相关的记忆全部消去。
亚哥号降落在后来被称为莫瑞亚的红色行星。它的乘客遭遇到跟雷根号乘客一样的命运，所有和他们目前状况有关的资料都已经被消去。
只有内加法号的乘客可以进入电脑的资料库中，了解目前的困境。他们直接进入了擎天神的资料库，在发现了事实之后，开始怀疑自己到底有没有再度回到地球的机会。
虽然他们降落在温和的塔桑妮行星上，但是内加法号所受到的损害已经无法修复。
这些残存的流放者散布在三颗行星上，开始拆卸船只的残骸，试图在新的环境中挣扎求生。
每个行星的居民都努力的试图在被称为“新世界”的星球上生存。他们并不知道还有其它的同类挣扎着在别的地方求生存，他们只能努力的利用手边的资源活下去。
由于失去了星际通讯的科技，难民们又将航舰所有可用的零件都拆卸下来，因此他们孤立生活了数十年。
在相当短的时间内，这些难民们就在行星上建立了各不相关的殖民地。
要等到六十年后，他们才会因为重新研究出太空旅行的科技而发现彼此的存在。在此之前，每个行星都独立发展成繁荣且自给自足的社会。
最大而且科技最先进的殖民地塔桑妮很快就发展出了第二代的次曲速引擎。这让他们的船只可以自由地探索四周荒凉的行星，最后终於发现了同为“长眠”之后的幸存者。
在彼此之间恢复联络之后，三个殖民地彼此之间受到贸易及交流的互惠。虽然塔桑妮持续地施压，要求巫魔加和莫瑞亚加入一个联合的政府，但是这两个殖民地坚决的拒绝。
塔桑妮的舰队持续的探勘这一块远离地球，后来被称为克普鲁星区（Korprulu）的区域。
塔桑妮在这个区域建立了七个繁荣的殖民地之后，大为增加了他们的军事力量，并成立了一个新的联合政府，为纪念地球而命名为地球联邦，由塔桑妮底下的殖民地组成。
而拥有最富饶矿产的莫瑞亚殖民地开始担心这个联邦会不会觊觎他们获利丰富的开矿事业。于是，凯尔－莫瑞亚连合体成立了，这个合作组织将会对受到联邦压迫的矿业公会提供武力上的支援。
联邦和连合体之间的紧张关系很快开始升高，最后终于演变成史称地球公会战争的事件。
公会战争持续了几乎四年，最后联邦终于和连合体“协调”出了和约。虽然连合体依旧保有自治权，但是几乎它辖下的所有公会都被割让给联邦。
巫魔加殖民地在看到了联邦的滥权将会导致什么结果之后，成立了巫魔加护****，这个由全国人民所组成的民兵团体誓言要保护自己的殖民地不受联邦的暴政染指。
最后，公会战争所带来的结果是联邦奠立了它在这个星区中的地位，变成第一强权。
联邦的“探勘者”们无休止地往外扩张。随着联邦的执法者不断滥用权力，海盗和各地自组的民兵开始如雨後春笋般出现。这其中最著名的一个例子就是公然抗争联邦政策的克哈星（Korhal）。
而就在这个时间段，一批异位面的入侵者进入了星际争霸位面，他们混入联邦中，混入了克哈星。
在他们的阴谋下，克哈星如同原剧情一样走向了叛乱。
不过，这一次克哈星的叛乱却掌握在了这些乱入者手中，他们以此来谋夺整个联邦，而他们的目的，只是联邦各星手中的高科技……
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