对于战后军队整合这件事，朱由检思考了很久，但始终没有拿出自觉最为合适的方案，这件事可以说这是他穿越过来后遇到的最为棘手的问题。
因为这会牵扯到众多原来统兵的总兵大将最终安置问题，这是会产生深远影响的大事，必须尽量考虑周全才好。
因为功臣的安置问题在大明是有前车可鉴的，其中尤以太祖太宗为最，两者截然不同的做法，对后世也是影响比较大的。
在朱由检的眼中，从一个乞丐到君临天下的太祖朱元璋，的确是一位了不起的大英雄，但他对待功臣们的手段却并不值得称道。
在这个问题上可以看出老朱眼光上的局限性。
老朱太狠了，也太过凉薄，小家子气尽显。
难道苦大仇深成功之后，就要翻脸不认人才对？
兔死狗烹、鸟尽弓藏，这个典故在他身上体现得淋漓尽致，同时也给自己的子孙后代埋下了君臣离心离德的祸根。
当初跟着他打天下的那帮文武重臣，最后仅有寥寥几人得了善终，大多数都死在了老朱的屠刀之下，其中甚至包括他的亲侄子朱文正，这得多狠？连亲侄子都杀！
这一点上，老朱明显不如他儿子朱老四。
在对待功臣的问题上，朱棣做到了仁至义尽，现在大明还存续的勋贵们，基本都是靖难功臣的后代。
所以，朱由检准备以朱老四为榜样，不去学朱八八。
但是，这里有个非常重要的问题：职位不好安排。
大明现在这么多总兵大将，虽是多年来参与过剿贼平奴、抵御靼虏等等诸多战事，但论起个人的功绩来，根本无法与开国和靖难功臣们相提并论，要是给他们封爵，这些将领的功劳明显是不够分量的。
有些人明显是守成有余、进取不足，例如镇守宣大的杨国柱、虎大威，坐拥数万边军，多年来也只是苟且在坚城之中，从无一丝一毫扬威塞外的雄心壮志，抱着一种得过且过的心态混日子，根本没有真正替朝廷解忧祛烦的打算。
而其余的大多数军将则是没有任何的战略眼光和思维，好一点的唯命是从，私心重的干脆阳奉阴违，或者出工不出力。如果不是还有像洪承畴、卢象升、孙传庭这样的重臣支撑，这群武将根本指望不上，最后的结果就是顺应历史潮流，换个主子继续效劳。
不过，说一千道一万，自从朱由检穿越过来后，这些军将在剿灭流贼的战斗中还是发挥了非常重要的作用的，并且在这次关外会战中也是拼尽了全力，尤其是宣大边军，在杨国柱、虎大威指挥下，给与了清军以重大杀伤，单从这一点上，如果战后酬功不合理，很可能会引发将领士卒们的不满，对军队接下来的整合带来不利影响。
有这帮老将在上面压着，后起的秦军、勇卫营、京营、川军这几只新军中那些当打之年的年轻将领想要拔擢就很难了。
在朱由检的设想中，在后金覆灭、东北基本安定的情况下，大明未来在北方和西北方将会采取战略攻势，以收复汉唐疆域为主要目标。这种情况下，骑兵将会成为重中之重，像曹变蛟、罗世芳、马科、李重进等一干骑将就要得到重用，而这次赏功就必须体现出来。
这次军队的整合其实就是变相的让这帮传统将领让位，给渴望建功立业的年轻一辈腾出晋升的空间，裁汰不合格的兵卒，打造和长期保留几支精兵，以此来维护政权和社会的稳定。
在这件事上，朱由检已经密诏杨嗣昌和兵部几名堂官入宫商议了数次，但还是没有就此事拿出一个合适的方案，但是在关外大战结束的情况下，这个问题必须要尽快解决了。
“圣上所提之事关系到方方面面，故兵部至今仍在会商此事，尚未有具体方略，臣意扩大会商范围，可诏各位大学士参与会商，群策群力，尽快拿出相应方案。”
在被皇帝数度召对后，杨嗣昌和兵部几位堂官有些承受不住朱由检的压力了，今日看到皇帝又当众逼迫，无奈之下，杨嗣昌只得把球踢了出来，要求更多人参与进来，以免自己将来背上骂名。
因为在商议几次之后，朱由检还是决定抛出自己的打算：恢复明初祖制，复设五军都督府，用来安置这些立功后的总兵大将。
五军都督府掌武官诰敕﹑水陆步骑之操练﹐军伍之清勾替补﹐俸粮﹑屯费与屯种之器械﹑舟车﹐军情声息﹐边腹地图文册﹑薪炭荆苇等，并节制中外诸军事，可以说是权利极大的要害部门，而它所涉及的诸多权利现在是兵部所有。
如果五军都督府复设，那它就会具备参与军国大事决策的权利，这就意味着不光是从兵部抢权，而是等于武人地位的大幅度提高，这是杨嗣昌及兵部这些文臣所不能接受的。
如果他们答应了皇帝的策略，那肯定会被文臣们喷个半死，但不答应吧，又面临着失去圣眷的危险，在如此两难的境地下，杨嗣昌干脆把来自皇帝的压力转移出去，让更多人来和皇帝打擂台。
在杨嗣昌他们看来，既然流贼建奴都已烟消云散，那这些武将们也没啥用场了，趁着皇帝提出整合裁汰的意见，干脆让这帮人解甲归田得了。就像宋初那样，一个个交出兵权，安心在家当个富家翁多好，至于这样做是不是会打击年轻将领以及全军将士的心气，那就不是他们该管的事了。
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