整治大运河的攻城，春节之前就开始了，具体负责这件事情的是南京吏部、南京户部、南京工部、南京都察院和漕运总督府。
各部门的分工非常明确，吏部重点负责各级官府的调配事宜，户部负责拿出来银子，工部负责具体的整治事宜，都察院负责监督施工过程是否有贪墨等事宜，至于说漕运总督府，则成为了牵头的部门。
郑勋睿下了如此之大的决心，出乎了所有人的预料，要知道以前朝廷整治大运河，负责的无非是工部，加上地方各级官府，不过也有人看出来了，郑勋睿是真正想着好好的疏通大运河了，这些年以来，大运河的淤堵已经成为众所周知的问题，漕运受到了很大的影响。
一方面停止了漕运，一方面开始大规模治理大运河，而且集合了很大的力量，投入了两百万的白银，看来是想着彻底整治大运河了。
不过此次整治的大运河，仅仅包括从浙江到山东这一段的距离，也就是从南面的杭州开始，到北面山东的德州，至于北直隶境内的大运河，暂时不会治理。
明眼人就能够看出来，整治这一段大运河，得到好处的是南方大部分的地方，包括北方部分的地方，可北直隶与此次的整治没有丝毫关系。
人员方面，被擒获的流寇俘虏，全部加入其中，此外采取招募人员做工、给付工钱的方式，保证重点河段做工的人员充足。
整治河道与春耕生产有一定的冲突，最好的时间应该是在秋收季节之后，也有人建议在秋收之后整治大运河，但郑勋睿不同意，他认为不能够继续耽误时间了，越是朝着后面拖延，面临的困难和问题就越多越大，到时候耗费的钱财也更多。
整修河道的人员以流寇的俘虏为主，只不过在某些特殊的工程段，为了保证工程进度，需要招募部分的百姓参与，这与春耕生产的冲突不是很大。
郑勋睿很关心大运河的治理，亲自过问，且全面负责大运河整治的并非是漕运总督曹驰，而是南京吏部尚书周延儒，毕竟曹驰的资历不够，没有那么大的号召力。
就连徐望华等人，都有些看不懂了，要知道郑勋睿的重点精力，应该是放在马上就要到来的征伐事宜上面的，不管怎么说，浙江总兵黄得功麾下有近二十万人，这是一股庞大的力量，再说郑家军征伐浙江总兵黄得功，这件事情需要找到充足的理由，否则很容易遭受到外界的猜忌和质疑。
徐望华等人也看出来了，郑勋睿对郑家军的掌控是异常牢固的，不管是南京的六部等，还是各地的巡抚，都不得随意调动郑家军的一兵一卒，除非是得到了授权，郑家军总兵力已经达到二十万人，陕西驻扎五万人，山东驻扎五万人，湖广驻扎一万人，四川驻扎五千人，南直隶驻扎八万余人，兵力的驻扎方面不是特别合理，但也是因为目前的实际情况造成的。
依照郑家军的实力，已经可以开始图谋大明整个天下了。
郑勋睿的意图是首先彻底稳定南方，接着图谋北方，这个决策无疑是正确的，如今的北方已经乱成一锅粥，没有必要搀和进去。
不管对郑勋睿的决定是不是理解，徐望华等人都是要按照执行的。
周延儒等人的重点精力投入到大运河的治理之中，徐望华和郑锦宏等人的主要精力投入到郑家军出征的筹备之中。
南直隶如此多的动作，引发的波动是很大的，特别是在裁撤南京京营、锦衣卫，将驻守南京的太监悉数都软禁起来的措施，可谓是捅破天了，不过如此大的动作，没有引发皇上和朝廷过激的动作，只是朝廷下了敕书，斥责郑勋睿的做法有违祖制，不能够得到承认，其余就没有什么具体的措施了。
这不免让人感觉到好笑，难不成郑勋睿还会遵循什么祖制，人家在南直隶什么事情不敢做，早就不在乎什么祖制了。
郑勋睿的一系列举措，也让南直隶和浙江等地的读书人逐渐看清楚了。
大明读书人最为集中的地方就是南直隶和浙江等地，这些地方的读书人考中举人和进士的也是最多的，朝廷之中的一半以上官员，都是出自于南直隶和浙江等地，所以说南直隶的士大夫势力是最为强大的，这也就是为什么东林党能够在南直隶快速壮大起来。
郑勋睿在南直隶的雷霆动作，曾经让不少的士大夫反感，甚至暗地里做对，可惜的是郑勋睿丝毫不在乎，人家有的是办法应对，那就是拉拢一部分，狠狠的打击一部分，不理睬观望的那部分，结果没有出现什么巨大的波动，也没有出现伤筋动骨的事情，东林党这个在南直隶影响非同一般的集团，顷刻之间土崩瓦解。
南直隶的士大夫乖乖的听话了，他们知道自己不是对手，一味的反抗带来的是悲惨结局。
随着郑勋睿的动作越来越多，不少的读书人开始反思了，尽管他们的特权被剥夺了很多，特别是在缴纳赋税方面，与寻常老百姓没有太大的区别了，不过南直隶越来越富庶，老百姓愈发的稳定，各级官府做事情也是尽心竭力，官吏的作风有了巨大的变化，一股从未有过的新风扑面而来。
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