这一战，东江军多条船受伤，被击沉两艘，其中一艘是炮舰，受伤的船只也有两艘伤得太严重，必须放弃。阵亡73人，伤124人。
敌方5艘船，击沉三艘，重伤两艘，俘虏对方官兵110多人。伤亡数量不详，因为大部分都沉入海中，由于忙于赶路，落水者打捞上来的不多，除了搜救己方落水者之外，也没有时间搜索。
毛文龙命令把俘虏押过来，敌方没有沉没的两条船也凿沉放弃，自己的两艘重伤的船也要凿沉，因为，它们受伤严重，不能跟着船队走了。然后一边修理船只一边继续南行，不要停留。清点战损后，除了修船的紧要之处，一律熄灭灯火，快速南行。时间已经到了子时（半夜12点）。已经是六月初七的凌晨。
天亮时已经过了山东半岛的顶部，船队航向转为西南。瞭望的士兵报告，右后侧方发现大量船只。袁崇焕终于追上来了。
毛文龙问：“距离多少？”
瞭望兵答道：“对方的船仅仅看到船帆，距离应该50里以上，估计80里左右。”
毛文龙笑道：“同样的船，差80里，再追一千里也追不上，不理他，我们全速前进。”
毕竟船队里有几只作战受伤的船，船队的速度就是最慢的船的速度。追击者却可以甩开速度慢的船，全速前进。被追击者如果不能放弃受伤的船只，就只能陪着它慢慢行驶。
到了六月初八的下午申初（下午3点），用了一天多的时间，真的在追了一千里之后，在江苏省盐城地区海外，袁崇焕追上了毛文龙。
毛文龙的部下劝他先走，敌军由他们抵挡，毛文龙岂是阵前退缩之人，于是在盐城外的大海上，展开了大明官军之间的一场大海战。这场海战，从规模上说，也可以说是明末清初的第一场大海战。东江镇26艘船只（已经损失了四艘船），关宁军32艘船只（另有四艘船慢，甩到了后面），双方合计58艘，这中间大约半数以上并不是战舰，只是普通的海船而已。
关宁军摆的是雁翅阵型，七艘大船居中形成尖头，其余的船在两翼随后。东江镇依然是一条斜线，九艘大船在前。由于东江军在南边，所以处于上风一头。双方战船迅速拉近距离。大约只有两里，打头的舰船已经进入火炮射程，依然是关宁军首先开火，炮弹呼啸而至，打得水柱四起。毛文龙的命令还是200步之内开火，冲上去，接舷跳帮作战，并且打击的重点是对方的旗舰，因此，只是冒着挨炮弹的危险，全力冲锋。随着距离接近，不断有船被炮弹打中，伤亡在所难免，因为操帆手必须不停地在船上跑来跑去，调整风帆。受伤的基本是这些人。但是，船只暂时还没有致命伤。远距离，炮弹命中率极差，力道也不够。
终于最前面的舰船进入了200步（300米）的距离，于是从最前面的船开始，一艘、一艘的陆续转向，改头部为船侧面接敌，随着转向动作，各船也陆续开火了。一时炮火震天响，炮弹横飞。距离太近，炮打得准，力道足，船只又都是木头的，被打的进水，侧倾的船比比皆是，东江军这边是刚开始开火，炮打得快，又是上风头，占一些便宜。双方旗舰均在靠前的位置，也是双方攻击的重点，毛文龙的指挥舱挨了一炮，舱室被砸毁一角，人都倒在地板上，众人爬起来时发现毛文龙已经负伤，一根木棒砸在他的背上。毛承祚指挥众人，抬毛文龙下船舱，毛文龙大喊，我要在这里指挥，扶我起来。众人劝说不动，只好扶他坐在指挥舱中。一百多步的距离，对方人的脸面都能看清了。双方旗舰刚好对面。毛文龙已经隐约看到袁崇焕了。“集中炮火，打旗舰！”毛文龙大喊。
其实用不着毛文龙命令，四五条大船数十门火炮，一齐开炮，炮弹，还有链弹一齐呼啸着砸向对方旗舰，本已经受伤的旗舰，被打得四处开裂进水。特别是船的头部已经打烂了，眼见着倾斜。“继续打炮！不要停！”毛文龙呼喊着。同时毛文龙觉得自己的坐船晃动，显然也是灌进了大量海水，船只不稳。
船只管带跑来：“毛都督，请换坐船，这条船保不住了。”
毛文龙在众人搀扶下下到小船上。同时不忘发布命令：“对关宁军旗舰的落水者，一律弓箭射杀，一个不留！”
这时，他看见对方旗舰也放下小船，已经有人下到小船。毛文龙指着那条小船：“用大炮，打沉那条小船！”
这时两条关宁军的战舰快速驶来，挡在小船前面，这一波炮弹全打在这两条战舰上，看样子只能是沉没的命运了。近距离交火，场面相当惨烈，随着一只只沉没的船，水面船只明显少了，水面上飘着不少落水挣扎的士兵。
袁崇焕也不知那里受了伤，浑身是血，他上了另外一只船，重新升起督军旗帜。旁边的幕僚劝道：“督师大人，打不下去了，撤退吧！”
“不能撤，给我狠狠的打，把他们都打沉！”放眼望去关宁军的舰船已经不足十艘，袁崇焕眼前一黑，一口鲜血吐出，晕了过去，幕僚见了，赶紧替他下令，全速撤退！待到袁崇焕醒来时，已经脱离战场，三十多条船，只剩下七条船并且全部带伤，缓慢向北方驶去。
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