得到许多实惠，和建立傀儡国的许诺之后，岛津元弘开始整顿自己的队伍，建立与清国的常规联络通道，与自己的属下研究实施的策略，从此黄巾军彻底转型成为了一个两面派的势力。
古代的宣传手段是有限的，大明有报纸了，可是日本没有，更是没有电台，但是宣传对于黄巾军是极重要的，也是他们斗争与存在的主要手段，因此不得不想出多种宣传的办法来散布他们的主张。
于是在日本的各个主要城镇，开始出现写在墙壁上的标语，这些标语是用木棍绑上棉花，沾着石灰水写上去的。或者写在纸上，粘贴在大街上。
由于日文基本上是拼音文字，所以民众的识字率比较高，这种标语起到了很好的宣传作用。
还有一些粗俗的歌曲也开始传唱，这些歌曲就是黄巾军创作并流传出去的，大多是借用日本的原有曲子，填上新歌词，让那些民间艺人开始传唱。
黄巾军的士兵也成了传唱歌曲的主力，他们走到哪里就唱到哪里，唱的都是这些宣传歌曲。
日本人也是喜欢唱歌的民族，具有自编歌曲能力的人也不少，于是一批新的歌曲就在日本各地传唱开来。
还有一个宣传办法，那就是散布流言蜚语，社会上总有喜欢传话、讲见闻的人。黄巾军就编一些情节吸引人的小故事，散布开来。民间传播谣言的能力极强，这些故事传播速度之快，不亚于报纸。
岛津元弘的确是个谋略高手，他制定的这一阶段的宣传重点有三个。第一个就是：黄巾军坚决抗清，与清国有深仇大恨，不共戴天！是的，他们在冈山就战死上千人！这一条就把自己立于了正义的一方，使日本的其他势力轻易不敢打击黄巾军。第二条就是重新翻出原来的老口号：“废除大名，还财富于民众！”这一条有两个作用，一是收买民心，获取大多数民众的支持，二是每打掉一个大名，就会获得大量的浮财以补充军需。宣传的第三个重点就是：攻击幕府卖国；幕府专打内战，不思抗清；幕府及各个大名严重腐败。有了这一条，他打击、偷袭官府就有了依据。相反，官府如果围剿他，那就坐实了幕府只打内战不抗清。这是歪理正讲，正义无比，理直气壮！
这三条着实狠毒，它给了黄巾军无限的发展空间，却捆住了幕府的手脚。我打你有理，是正义的！你打我就是卖国！
在清军的支持下，黄巾军的军事力量和实力猛增，他们的部队一队一队的渡海到了本州岛，渗透到本州各地。这些部队都有两个任务，一是宣传黄巾军的口号，到处刷标语，传唱歌曲，讲故事。二是看准了机会就狠狠的打击势孤力单的大名、官府仓库，甚至占领一些边远的县城。这股力量成了日本国的搅屎棍，搅得日本时刻不得安宁。像苍蝇一样，哪里有点腥臭，就成群结队的盯上去。
清军对于消化新占领区的头一个任务就是屠杀，并且是有目标的，目标就是只能剩下10万人以下的日本人，这个过程好听一点的名称就叫做“减丁”。顺带着还要抓年轻的日本女人，不光是清国人需要，台湾省又下了订单，这一次是两万，另外还需要5000名日本劳工。这是国防军第一次要日本男人，主要用于松花江、黑龙江地区修建公路桥梁的，东北的北部人口太少，劳工都很难找到。日本女人当然是运往澳国的。
十万鞑子兵分成小队遍布到占领新区，烧杀、奸淫、抢夺财物、征粮等等，那是无恶不作呀！日本人稍有反抗就是整个村子、城镇被屠杀殆尽。征粮也是非常残酷，每一户以五斗米为限，多余的必须收缴，有敢藏匿的就是杀。
对于这种屠杀，国防军依然执行奖励政策，以战功及伤亡抚恤为由，向各个部队的将领办法奖金，奖金一律使用曙光币。现在大笔的奖金开始使用纸币颁发了，清军也已经习惯了纸币，觉得还是纸币携带方便，一样的好用，跟随而来的曙光商店运来大批的商品，用曙光币都可以买到。
经过残忍的杀戮，也有一部分日本人外逃，人口急剧减少，10万的目标终于差不多达到了。下一步就是划分行政区，建立政权。日本的地名大多数可用，因为他们的地名全部是汉字的，不可用的就改名。像“冈山”，其名称可用，但是那个“冈”字不好解释，于是就改为“岗山”，意义明了了。像“屋代岛”有点日本味道，直接改名“钓鱼台岛”。
清国人的“旗”本身就有政权的性质，因此，分配土地的过程中，往往就形成了新的地名，像什么“蓝旗营”、“蒙白旗镇”之类的也出现了。
最后就是分配日本人奴隶，对他们进行奴隶的驯化教育，给他们每个人都起新的满族习惯的名字，日本人的名字和日语是绝对禁止的。本州岛上也开始有了留辫子的日本人。
幕府将军德川家光已经焦头烂额了，清军过于强大，其兵锋锐不可当，眼看着亡国在即，现在日本人自己也乱了套，黄巾军搅合的日本乱成一锅粥。本来战乱之下粮食就紧张，最近又不断的有幕府的官仓被抢、被烧。幕府，也就是官府的粮食立即紧张起来，被逼无奈，只好下令征粮。否则，接近百万的大军吃什么？为了应付战乱，幕府极力的扩军，军队的数量已经由原来的四五十万人猛增到了八十万。
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