杨嗣昌为熊文灿的奏疏写了节略，呈报到司礼监。崇祯皇帝看过后召见内阁首辅杨嗣昌、吏部尚书田维嘉、兵部尚书傅宗龙、工部尚书刘遵宪。
杨嗣昌说道：“陛下，花皮以开辟航路为由进入两广，这个理由在天下也不是第一次了，各地的官员也都没有什么好办法能阻止他们。梧州之事还是康承祖断了交通引发民乱的后果，熊文灿有过失，但不是主要责任人。另外，一年来两广剿灭帮会，剿灭贼盗的功绩卓著，使得两广之地地方平定，百姓安居乐业，熊文灿也是有功的。因此，臣以为功过相抵，就不必处置熊文灿了，陛下发一份诏书，申斥熊文灿处置不当的过失，令其戴罪立功即可。熊文灿得此厚恩当知恩图报，这强似任命一个新的巡抚。请陛下恩准！”
杨嗣昌的态度是公允的，换了谁在那个位置上也不能做得更好了。如果是一个头脑发热的主战派，就像康承祖那样，后果更加糟糕。
崇祯也不打算处置熊文灿，熊文灿在福建任上收服郑芝龙有大功，到了两广又平定了刘香，这两份功劳为崇祯一朝添了很光彩的一笔。帮会势力在任何统治者的眼里都等同于贼盗，甚于贼盗，熊文灿剿灭帮会也是有奏报的，的确干的很漂亮。这都说明熊文灿是有功之臣，贸然处置熊文灿会让臣子们寒心。因此，崇祯说道：“准了，内阁拟一份诏书，呈上来。康承祖如何处置呢？”
杨嗣昌说道：“陛下圣明！依臣之见，康承祖应给予惩戒，下旨斥责！但是刑罚就免了吧，让他留吏部反省待用。康承祖失陷城池，罪过深重。但是他也是出于对朝廷的一片忠心，只是谋略错误。在这乱世之中，康承祖的忠诚可嘉，也是弥足珍贵的。请陛下恩准！”
杨嗣昌这是典型的和稀泥了，左也好，右也好，大家都好。不过他的话，崇祯听着舒服，毕竟眼下忠臣难能可贵，他也希望得到更多的忠臣。失陷城池的主官是死罪，罪过还是不轻的，不杀、不关，也要有其他的惩戒措施。
崇祯说道：“朕念他忠君之心，就下旨斥责，罢官回乡吧。”
崇祯没有说“永不叙用”这四个字，那就是还有启用的余地，与留吏部后补也差不多，已经很宽大了。
杨嗣昌说道：“陛下圣明！”
崇祯说道：“杨爱卿提出‘厚民、富国、强兵’之策，其理由、利弊如何？当如何实行呢？”
这是崇祯召见的关键所在。
杨嗣昌说道：“厚民就是厚待黎民百姓。我们的律法、祖制弊端很多，短时日求改变是做不到的，只能慢慢的改，但是，在此之前，改善民生却是可以做到的，我们的官员、军队应该把厚待民众列为第一条，在现有的规制之下尽力的保护民众。第二是富国，就是要我们的官员把农工商放在心中，为繁荣农工商出力，而不是排斥工商，更不能把从事工商之人当做下等人对待，朝廷考核官员就要看他能不能改善地方的经济。第三是强兵，有了花皮的比较，现在的人们应该知道强兵之重要了，也应该知道‘奇淫技巧’‘雕虫小技’的话太迂腐了。
这几条做起来并不容易，它需要我们上上下下的每一个官员去做，这就有了一个整顿吏治之说。天下的官员成千上万，还有我们各种不同编制的军队。整顿吏治、整顿军队是很难办的，即便整顿过了，谁又能保证不再反复？为此，我朝廷要利用眼下的言官制度监督天下，先把言官管起来，小事管不过来，就先从大的恶性事件入手，凡是严重的侵犯了黎民百姓的、不能鼓励工商反而侵犯工商利益的、军纪败坏、祸害百姓的、毫无战力的军队。对于这几种严重的事件，要求言官能够及时的发现，发现了就要派出朝廷的大员，派出京师的精锐禁卫军，强力整顿，追究责任，严惩罪犯，整顿军队，无用的军队则彻底遣散，重新招募。
每个月都要整顿几件案子，每一年都要有进展，我们的局面就会一天天的好起来。此外，我们的大明日报也要利用起来，让他成为我朝廷的喉舌，把我们朝廷要做的事，惩办的案例，政绩优良的官吏等等，都要广告天下，让天下的士绅百姓们知道去恶向善。”
杨嗣昌的这一通长篇大论就是他的改革宣言，其中的很多思想放到前几年都会被当做异端邪说，比如提高工商的地位问题，居于统治地位的阶层是绝对不能接受的。但是现在的天下形势大变了，不执行这样的改革，那就只能等死。严峻的形势逼迫他们必须改革。
重视民众这一条就是被联省逼迫出来的，只要有民乱的地方，有侵犯百姓生命财产的地方，国防军就会做出反应，结果就是朝廷丢失土地，丢失人口。
另一方面，杨嗣昌没有提出制度上的任何改革，他只是说应该改。如何改，一个字也没说。因为任何的制度改革都会触犯一大批既得利益者，杨嗣昌很聪明，这些改革让皇帝自己看着办吧！比如，遍布天下的朱家王爷，他们已经成为朝廷的严重负担，到了不改不行的时候了。
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