李三才的家财导致他贪赃枉法这个事石锤之后，兵科给事中朱童蒙就首先弹劾了东林书院，这位兵科给事中说：“如今辽沈失陷，人心浮动。聚众讲学，难免招朋引类，大开门户之渐，将来势必难以控制。官绅出资这类讲学的书院，更是容易形成朋党，谋取私利。此时应该查封东林书院，告诉天下的读书人都应该安心本分，以李三才和东林为戒。”
对这个事的处理意见，内阁方面自然是惩办朱童蒙。
朱皇帝可是看东林书院不爽很久了，哪里会同意内阁的意见，这个折子被朱皇帝留中了一阵子后，批示意见改成了朕知道了，在处置了弹劾邹元标的那些人之后，丢出来登上了邸报。
皇帝不让他们一口气把东林邪党打倒，齐楚浙三党这些“正人君子”们就能停下与东林邪恶势力作斗争的步伐么？当然不可能，一天不争权夺利，他们就浑身难受，怎么可能放弃这么好的机会。
从案子上找不到突破口，他们暂时消停了一阵，就惊喜地发现，捕风捉影搞扩大化不行，但是盯着这个东林书院攀咬是可以的嘛，毕竟李三才资助的金银就是东林书院的原罪。于是，他们再次派出三两只小角色，拿着东林党给李三才充当保护伞的事说事开始攀咬，把上一次李三才因贪污遭遇弹劾时的办案人员也揪了出来弹劾。
看着试图弹劾东林书院，把事情扩大化的折子。首辅刘一燝心思却是没有放在党争上，沉思了一会后对韩爌说道：“皇上终归是对我等，有些猜忌啊。”
韩爌神色苦闷地点了点头，“那此事，元辅以为当如何处置。”
“在此事上不可退让。不然掀起大案，朝堂上就再无宁日了。”
“就怕那皇上那边。”
“次辅不必担忧。皇上不会开这个口子的。”
至于东林党，他们还能怎么办，这个时候根本就是退无可退的，只能上疏自辩并弹劾朱童蒙等人。
齐楚浙三党准备要翻旧案，这个事朱皇帝觉得很不好，他很清楚在不能一棍子把一派彻底打死的情况下，一旦开始翻案起来就会反复拉锯没完没了。稍微思索了一番，朱皇帝很快就作出了决定，各打了五十大板，把齐楚浙三党派出来的小卒子下旨申斥了一番并贬官，对攻击朱童蒙的东林党也是直接申斥贬官。
事情发展到这一步，皇帝的态度就已经很明朗了，就是皇帝不想搞扩大化，但是也很不满意东林众人包庇李三才，想要东林众付出一点代价。
又一次聚集在一起的东林众人，这一次他们的神色都很复杂。
“此番可谓是凶险无比，好在皇上尚未被奸邪彻底蒙蔽。”杨链的语气听着轻松，但是眉眼间的忧虑神色却是怎么也无法掩盖。
左光斗长叹了口气后，恨恨地说道：“不将这些奸邪小人清除出朝堂，我辈正人将终无宁日。满腔的抱负，也是难以施展啊！”
他这一席话，让东林众人不由再次回想起这一番争斗的凶险，都开始咒骂了齐楚浙三党的奸邪小人。
在大伙们骂得差不多之后，黄尊素很快站出来提醒道：“此事尚未了结，我辈还不能大意。”
杨链接口道：“真长说得有理，我辈还得打起精神来应付那些奸邪。只可惜，这一回五百多载的东林书院的清誉，算是全毁在李三才这人手上了。”
黄尊素沉吟了一会后，面露不忍地说道：“怕毁的不止清誉啊，当今对张江陵可是推崇得很啊。”
此话一出，东林众人脸色就变得更不好看了，特别是在书院讲学时间最长的邹元标。
“怎么能？怎么能！？”说着，这一位却是有些颓然地坐下。他知道黄尊素说得是一点都没错，这位少年天子对张居正的推崇，那是在即位之后迫不及待地要平反张居正就表现得很清楚了的。张居正干过的事，这一位未必干不出来，朱童蒙的折子被发到邸报上，这件事足以说明皇帝的态度了。
众人计较了一番之后，虽说没吵起来，最终却还是不欢而散。杨链和黄尊素等理智派要放弃东林书院，而邹元标等人对书院的感情极深，说什么也不同意。
此后，邹元标去见了内阁两位大学士，出来之后，整个人却是都苍老了几分。
很显然，两位阁老都不愿意趟这趟浑水。刘一燝和韩爌只是东林的盟友，他们作为内阁大学士仕途一直都还算顺风顺水，又没参与讲学活动，对东林书院谈不上有什么感情，自然是不愿意与皇帝对着干的。
随着皇帝的态度明确，不止反东林的大肆集火东林书院，甚至一些原本中立的也开始弹劾东林书院。
这事皇帝的态度摆出来了，结局也基本上注定。
至于东林党，他们中的理智派很清楚，这个时候他们要是态度不好，不向皇帝服软，无疑会让皇帝进一步猜忌他们，也只是象征性地抵抗了一番就彻底投降了，反正皇帝也没有下手对东林赶尽杀绝，没有借这个案子搞扩大化。
而邹元标等人却是死挺着不愿意放弃，邹元标本人甚至不惜以辞职为由逼宫。
邹元标也不是全存了逼宫的心思，他很清楚，大概是由于张居正的缘故，他并不受皇帝待见，皇帝第一次召见他时，少年天子那双眼睛里赤裸裸的厌恶他还是能发现的。这一次也是心灰意冷，想要彻底不干了。
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