吕宋行政区在海陆两军的配合下，用两个月的时间控制了吕宋岛上所有的重要城市、城堡和村镇，抓捕、驱逐了所有的西班牙人，而对摩洛人（土著天主教徒）和野蛮土著部落则采取放任自流的政策，等战争彻底结束再进行处置。
而只有两种人得到了善待甚至重用，首先是马尼拉本地的华人，马尼拉又有许多华人定居，只是人数增长太慢，毕竟出洋谋生的华人拥有台湾这个最好的谋生地，马尼拉只有不到两千人的华人，他们迅速充斥了行政长官区的重要的行政岗位，而另外一种人则是华人混血，比如荣耀堡附近的乙峨罗地族人，他们就是曾经攻击马尼拉的大海盗，林凤率领的华人后裔，林凤失败后，部分人逃往海外，而很多人逃进山林，与本地土著结合，形成了乙峨罗地族人，这些华人混血土著迅速成为本地募兵的优先选择。
这为后来的吕宋社会阶层的划分奠定了基础，华族、华族混血、土著、宗教土著便是未来吕宋由上而下的四大阶层，分别承担的不同的税收和权力标准。这也给社团以及后来的联邦对外拓殖构筑了一个范本，在殖民时代一直被推行，并且影响深远。
隆武元年三月中旬，一艘马尼拉大帆船停泊在了三宝颜，船上下来一位身着华丽戎装的青年男人，他只有三十多岁，得体的衣服配合华丽的假发让他看起来颇为高贵，但脸上挂着的笑容有些玩世不恭。
“嗯，与美洲一样，依旧是殖民地的气息，血腥、硝烟、腐臭和奴隶身上的臭味，看来我们的菲律宾都督区正在沉沦，那好吧，在我的手中，这里只有生丝的柔光和金币碰撞的脆响！”男人微笑着对身边的人说道。
“您肯定能如愿，尊贵的法哈多总督，我们诚挚的希望，您能带领菲律宾都督区走向新生！”一群人躬身行礼，恭谨的说道。
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