至于原来的那些府、院、寺、司等机构，将会逐一化入各部之中，比如与礼部相关的机构有宗人府、太常寺、光禄寺、鸿胪寺、行人司、国子监、钦天监、太医院、教坊司、僧录司、道录司等，其中像宗人府、太常寺和光禄寺归为内务部，而鸿胪寺、四夷馆以及行人司归为外交部，国子监和钦天监归为教育部，太医院则是归为卫生部。
至于教坊司则是被宁渝彻底给废止了，重新规划出来的礼仪司归于内务部，还有像僧录司和道录司归为宗教部，因此这些部门将会彻底实行各部管理。除了行政与监督之外，宁渝将司法部门也单独列了出来，也就是大理寺来负责复审与平反刑狱。
在这些以外，更为要紧的是与兵部相关的机构，彻底被划分到了枢密院，其中分设总参谋部、总后勤部、总装备部和军科部，负责全军指挥。当然对于这么一个要紧的部门，自然也就是权衡的，那就是由五军都督府来负责掌管军队，平时没有调兵权力，必须有皇帝的兵符和总参部的命令，才能进行调动。
在制定完成这些制度后，最关键的便是内阁制的最终确认，当然并非是将内阁的权力扩大化，而是在某种程度上缩小了许多，也就是宁渝弄出来的联席部长会议，当然过去的时候也有六部官员参与，但是眼下各部数量增多，再加上都察院与大理寺的地位拔高后，因此将会显得更加独立。
宁渝明文规定，行政院、都察院、大理寺和枢密院属于平级，内阁局中协调，但是不得强令所属部门做事情，一应计划与决定应该直接由各部尚书直接决定，并报给内阁进行审批。如果审批不通过则重新调整方案，连续两次审批不通过可直接呈递皇帝审批。
从这一点上，宁渝是坚决反对行外人去指导行内人的，虽然说那些阁老们在人心揣度上十分出色，可是在比较专业的东西上，就有些外行指导内行了，因此只给审批权，但是不给直接决定权。
至于地方上的行政机构，宁渝并没有照搬明清制度，而是将其彻底进行了改变，因此所谓的巡抚早就失去了原本的意义，而是重新恢复了布政使司一职位，主管一省民政与财政大权。至于原先的按察司则是直接隶属于大理寺监管，仅仅主管一省司法之权，至于监督一则由都察院御史来负责。
至于地方上的军方事物，则是设立了总兵官，受到与五军都督府和枢密院双重领导，其中日常的一应训练和兵源都是由五军都督府辖制，而枢密院则是负责战时指挥和战略调动等，以便于对地方军队能够更好的管理。
当然对于该省内的日常军务，则由该省总兵官连同省枢密院会同解决，省枢密院将会定期赴中央枢密院进行汇报与人员轮换，基本上可以说是将地方的兵力给彻底收到了中央的手里。
而省级以下则是简化为府县二级，原来所谓的州一级全部取消掉，将小县合并为大县，至于其他的佐官则是仿照中央架构，设置各省各府行政院，合院司所掌于一署，有民政、提学、度支、劝业等司，并且设定设巡警道，掌全省巡警、消防、户籍等事务，与此同时，各省还设置了劝业道，专管全省农工商业及各项交通事务。
当这一系列的调整和规划出台后，崔万采心里未尝没有些许抵触，因为根据新的方案当中，地方权力是要明显缩小的，而中央集权则是达到了有史以来最高点。
“皇上，若是地方上没有财权与兵权，或许会有些过于苛刻了.....明清之制中，地方三司权力被压制过甚，以致于督抚之流总览全局，似已稍重，然进止机宜，悉秉庙谟，大难敉平，幸赖有此。”
崔万采的意思很简单，不给地方权力，到时候出现什么乱子了，可就没办法第一时间扑灭了，可是在宁渝看来，这一点完全是局限于当地局势，甚至有矫宋明重内轻外之弊的嫌疑，可实际上权力太大了......
明清时期的督抚之所以并非常设职位，甚至还要定期进行轮换，同样有这方面担心的东西，因为地方督抚可以控制一省之财、兵、刑权，其权利之大几乎能够做到一手遮天，这并不符合宁渝的利益。
宁渝轻声感慨道：“万事均有第一步，地方上的权力回收，是因为中央各部进行了大肆扩充，只有统一财政、统一行政、统一司法和统一军事之后，才能让中央各部对各省司道进行垂直控驭。”
这并非是宁渝给官员们进行协商的东西，而是已经做好的决定，除了接受以外，没有任何其他的商量余地。在这方面，宁渝甚至表现得比之前要强硬许多，因为这种地方与中央的权力划分，明显是无法做到公平的两端的。
当然对于大臣们而言，他们已经习惯了宁渝的种种改变，因此也不会有任何惊讶之色。只是当新的内阁制度问世之后，却是让人有些提不起劲来，相对于明朝时总揽全局的内阁而言，这宁楚的内阁在权力上几乎小太多了。
反倒是新的行政院却成为了制度的中心，在这一点上宁渝的目的还是很鲜明的，那就是行政院作为权力更大的机构，因此不能掌握在一个人或者几个人手中，每次的内阁联席会议上，都需要有所有的部长参与。
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