逃离了襄阳据点的左良玉军真成了一批无所顾忌的匪徒，不但所过之处烧杀掠抢，甚至公然攻打闭门不纳的州县，完全变作了一伙反叛。
三月，左军已经到达芜湖附近，声言要到南京筹措军饷，吓得南京陪都乱作一团，急忙派兵陈师江上，准备防御左军。后来还是正在湖口的新任左都御史李邦华对左良玉反复劝诱，又让安庆巡抚拿出十五万两库银作为军饷，左良玉才让部卒们稍微安定了一点，驻军于安庆、池州一线。
对于左良玉军的这次变乱，崇祯君臣们竟然连声讨的勇气都没有了。后来李邦华到京后向崇祯皇帝建议：把变乱之罪推到左良玉的一个下级部将王允成的身上，因为此人所部劫掠州县最为猖獗。
而崇祯皇帝也深知，左良玉还要依为干城，不能惹；而且实力雄厚，也惹不起。只得忍气对左良玉“戢服变乱”嘉奖了一番，要他把“首恶”王允成斩首以维护朝廷的面子。可左良玉却连这点面子也不给，仍然把王允成留在军中，继续我行我素。
而在此次事变中，侯恂仓皇逃到了吴世恭军中。虽然侯恂知道左良玉不会把他怎么样，可是谁也不愿意抱着这样一个“火药桶”睡觉。而这时候的吴世恭和侯询也都不知道，左良玉是否是真的造反。于是汝宁军立刻向着左军的方向进行了布防。
等到李邦华安抚左良玉的消息传至武昌以后，时间已经过去大半个月了。可到了这个时候，吴世恭却惊讶地发现，书墨在楚格、薛勇这两个镇的支援下，竟然防住了清军的入豫（后文详叙）。因此，吴世恭索性咬着牙继续围困武昌城，一定要彻底干掉李定国这个小子。
而此时的大明朝非但无力对付境外的清军和境内的造反农民军，而且无力对付自己营垒内部的军阀势力。左良玉只是军阀中最有代表性的一个罢了，其他各处握有实力的总兵们，如汝宁的吴世恭、宁远的吴三桂、山东的刘泽清等人，甚至作为文官的余子琏，实际上都已经成为一方的军阀。朝廷对他们只能小心拢络，而他们对朝廷则要根据自己的利益情况决定态度。
而崇祯皇帝自己也弄不清楚，从什么时候起，堂堂的天子、朝廷竟堕落到要看几个粗鄙武夫的眼色行事了。但为了大局，眼色仍然要看。这是一种十分痛苦的无奈，崇祯皇帝所能想出来的唯一办法，就是从朝廷派遣有威信、有胆略的得力大臣到前线督师，切实辖制诸军，与“流寇”进行一番决战。
可是自从杨嗣昌故去，洪承畴陷于清朝，这样的得力大臣实在太难寻觅了。崇祯皇帝把朝中大员们扳着指头算了一遍，觉得只有内阁大学士吴甡还算差强人意。吴甡是万历四十一年的进士，作过河南、陕西的巡按御史和山西巡抚，在任期间正值“流贼”蜂起的时候，他办事较为得力，朝野口碑多认为他是剿“贼”的干练之才。正是由于有这方面的才能，他自崇祯十一年起被任用为兵部侍郎，对于全国的军事形势和各部队情况十分熟悉。
在崇祯十五年，崇祯皇帝特地提升吴甡为辅臣，主要也是为了在内阁中有一个通晓军事的顾问。比起杨嗣昌、洪承畴来，吴甡虽然要逊色一筹，但论资历、地位、威望和能力，他也要算一个不可多得的人选了。
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